在生物質鍋爐的使用期間，每班至少有一次排污。一臺鍋爐上同時有幾根排污管時，必須對所有的排污管輪流進行排污。如果只排某一部分，而另一邊忽視，鍋水的品質就會有所降低，或是會堵塞了另一部分的排水管，甚至引起水循環破壞和爆管事故。

當多臺鍋爐同時使用一根排污總管，而每臺鍋爐排污管上又無止回閥時，禁止同時排污，防止排污水倒流入相鄰的鍋爐內;在每根排污管路上，一般串聯安裝有兩只排污閥。

一臺鍋爐如果在同一個放水地點裝有兩個排污閥的，在排污的時候，先開從鍋爐數起的第二個排污閥，然后 再開第一個), 先微開一點，待管路預熱后再慢慢開大;排污完畢后，首先把靠近鍋爐的排污閥慢慢關閉，然后關閉第二個排污閥; 排污速度應較快，以利于水渣或流淀物的排除。

一般先開慢荒的，后開快開的。關閉時，先關快開的，后關慢開的，這樣可使排污時間短而排污較為有效; 定期排污的間隔時間，應根據鍋水水質來決定。水渣較多時，間隔時間應短些 ; 水質較好時，間隔時間可長些，一般排污每班至少一次;排污要在鍋爐壓火后，或者負荷低時進行。此時鍋爐水循環比較緩慢，渣垢容易積聚，排污效果好，又不影響鍋爐出力。

從生物質燃料的燃燒設備考慮，目前，已經成熟的商品化燃燒器對于木質生物質燃料的燃燒適用性比較強，而對于秸稈類生物質燃料燃燒能力較差，極易結焦結渣，難以最大限度的發揮燃料的熱效率，此外，即使加裝后處理裝置，產生NOx的含量也難以達到國家標準，成為目前的一大技術難關. 因此，如何對燃燒過程的溫度變化進行精準控制，實現對燃燒過程生成NOx的實時測量以及對生物質燃燒器NOx排放過程的有效控制，將成為今后的發展方向之一.