生物質燃料發熱量低于7000kj/kg左右，水分大于50%，鍋爐內會先形成水蒸氣來釋放吸熱，然后進行燃燒放熱，并導致鍋爐頻繁的冒正壓。由于鍋爐內大量的水蒸氣降低了爐膛溫度，在加入的氧在水蒸氣的環繞下，形成屏障，從而難以與火焰進行充分混合，以致燃燒缺氧。

生物質鍋爐的尾部煙道飛灰的問題，當大量未完全燃燒的飛灰進入了尾部煙道，導致在預除塵器和灰庫放灰時，灼熱的飛灰遇到空氣就會有明顯的火星，很容易燒壞除塵器布袋，并加速引風機葉輪的磨損。

一般來講，水分的存在使生物質中可燃物質的含量相對減少，熱值降低。水分含量多使著火困難，影響燃燒速度。盡管水分不是一種可燃成份，但是其析出過程中的“造孔效應”使其起到了與可燃成份同樣重要的作用。從表1可以看出，各種生物質顆粒燃料的水分含量均小于10%，其中，玉米秸稈相對來說更容易著火。